Dans le far-west péruvien de la fin du XIXe siècle, l'impulsif Fitzcarraldo rêve d'édifier un opéra en pleine Amazonie. Pour financer son projet, il achète une concession de caoutchouc le long du fleuve Uycali, réputé inaccessible à cause de violents rapides.
En 1981, Herzog s'attaque à l'un des tournages les plus périlleux de sa carrière. Dix ans après Aguirre, il retrouve l'Amazonie et son comédien fétiche, Klaus Kinski. Leur relation est plus houleuse que jamais et Herzog nourrit pour ce film des ambitions insensées.
Gagné par la folie de son personnage, il multiplie les risques jusqu'à exiger de tourner sans trucage le passage d'un bateau à vapeur au sommet d'une colline, se privant ainsi pour longtemps de toute possibilité de financement. Là se noue la légende qui entoure "Fitzcarraldo" : s'il est l'un des chefs-d'oeuvre du cinéaste, il est aussi son naufrage.